故事延续上一集的剧情，机械大军正在集中全力准备入侵隐藏在地底的人类最后都市锡安，另一方面，锡安的人民相信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言，终止人类与机器之间的战争，但是却没有人知道，这位救世主正被他自己的梦境所苦恼母体发现人类最后的堡垒城市锡安原来藏在接近地球核心的深处，而人类只剩七十二小时能阻止几千艘状似乌贼的巡逻舰大举进攻。他们的唯一希望就是找到一名被称为关键人物的神秘人物，而他则是受到一对耍弹簧刀的大 坏 蛋双胞胎看守，这对白子双胞胎杀手拥有如鬼魂般的隐形能力。 肩负维系人类存亡的重要任务，尼欧将会遇到更大的阻挠与挫折，他想象不到的命运选择也阻挡在他的面前。一切正如先知所说的，你不是来这里做选择，你早已经作出选择了，你只是来这里了解自己为何会做出这样的决定。 万一他选错了呢？……