随着第二集最后那个“to be concluded”的字幕，所有观众的心都被吊在了万丈悬崖边上：尼奥到底怎么啦？他怎么可能在“真实”世界里毁灭电子章鱼？他又如何能“感觉”到机器？已经侵入了班恩（Bane）大脑的史密斯又会对身处昏迷中的尼奥开展什么行动？　事实上，尼奥的身体在真实世界的飞船上处于昏迷状态，他的思维却被困在一个“中空”地带：那里既不是母体，也不是机器占领的真实世界这个地方叫Mobile Avenue Train Station，显然是个火车站，不过是梅罗纹奇的势力范围（因此不受常规母体程序控制）尼奥醒来时遇到了一个神秘的小女孩和她的父母，还碰见了“火车人”（The Trainman），后者控制了该车站所有母体与机器世界之间的交通。 　与此同时，在真实世界的墨菲斯、翠妮蒂与Logos号飞船的奈奥比会合了，当然，还有那位被洗脑夺体的班恩。翠妮蒂他们从“先知”那里知道了尼奥的现状，在守护天使的带领下，去找梅罗纹奇要人，喜欢享受的阿梅那时正和佩瑟芬在他管辖的地狱酒吧欣赏SM的氛围，他当然不肯交出尼奥，因此大家少不了一场激战。在佩瑟芬的帮助下，翠妮蒂他们终于将尼奥带回现实。